Бабаи, один из древнейших поселков близ Харькова, берет свое начало в 1647 году. Его история начинается с заселения земель у реки Уды чугуевскими «боярскими детьми», среди которых был Федор Климентиевич Бабай, чье имя и стало основой для названия поселка.
В середине XVII века поселение перешло от российских служилых людей к украинскому казацкому полковнику Григорию Донцу и его потомкам, что привело к постепенному изменению населения на украинское. В 1650 году здесь была построена деревянная церковь Архангела Михаила, после чего село временно называлось Архангельским. Позже Бабаи вошли в состав Харьковского полка.
В XVIII веке настоятелем местной церкви был Яков Правицкий, друг и соратник философа Григория Сковороды. Сковорода часто посещал поселок и работал здесь над своими произведениями, включая «Басни Харьковские». В Бабаевском лесу находится источник, который связывают с философом, известный как Сковородиновский колодец.
Центральной частью истории Бабаев является усадьба рода Щербининых. Петр Андреевич Щербинин, военный и крупный землевладелец, обосновался здесь в 1746 году. В 1780-х годах он построил каменную Архангело-Михайловскую церковь и расширил хозяйственную часть имения. В XIX веке его внук Александр Андреевич Щербинин провел реконструкцию усадьбы, добавив новые постройки.
Усадьба Щербининых сохранила множество исторических документов и произведений искусства, но после революции многие из них были утрачены. Сегодня от усадьбы остался полуразрушенный дом, частично жилой, но нуждающийся в реставрации. В 2005 году часть керамической плитки из усадьбы была передана в Харьковский музей керамики.
Первая деревянная церковь Архангела Михаила была заменена каменной в 1782 году, но в 1930-х годах большевики разобрали ее. На этом месте теперь находится Дом культуры. В 2004 году началось строительство нового храма Архангела Михаила, который был открыт в 2009 году.
К началу Второй мировой войны Бабаи стали крупным населенным пунктом. В 1938 году они получили статус поселка городского типа. Во время войны поселок был оккупирован немецкими войсками и освобожден в 1943 году. После войны началось восстановление поселка, и в 1966 году население составляло около 7700 человек.
С начала полномасштабного вторжения в 2022 году Бабаи подвергались российским обстрелам, что привело к жертвам и разрушениям. В мае 2022 года обсуждался вопрос о переименовании поселка, но пока он остается Бабаями. Вопрос о будущем названии поселка остается открытым.
